Solitária

Vanunu permaneceu 11 anos e meio em regime de prisão solitária, confinado a uma cela de 2 x 3 metros. Não lhe foi permitido qualquer contacto físico, visual ou verbal com ninguém, excepto nas poucas visitas de familiares próximos, sempre acompanhadas pelos guardas, e onde uma grade de metal o mantinha separado dos familiares. Em Julho de 1995, entrou em greve de fome devido às condições em que se encontrava detido. Em resultado, durante algum tempo foi-lhe permitido ter um computador próprio, fazer dois telefonemas por semana aos seus advogados, e a remoção da grade que o separava das visitas.

No entanto, estas benesses dependiam da aceitação de algumas condições, nomeadamente que Vanunu não voltasse a falar de armas nucleares, quer ao telefone, quer durante as visitas. Vanunu recusou-se. Só em 1998 foi retirado temporariamente da sua cela solitária e autorizado a conviver com os outros presos. No entanto, sempre que as autoridades acham que Vanunu desobedece às ordens, falando do seu rapto ou de armas nucleares, as autoridades voltam a colocá-lo em solitária.

Numa carta enviada a um activista do Grupo 19 em Junho de 1999, Vanunu afirma:
"Lembra-te que não sou um preso normal, como aqueles que aparecem nos filmes ou nos jornais criminais. O meu caso é muito diferente. É um caso especial, de um indivíduo sem o apoio de qualquer organização ou partido político. Apenas a consciência de um homem, que o levou a um acto corajoso, apesar dos riscos e perigos da luta contra os serviços secretos. Por isso, sobrevivo há 12 anos e meio na prisão (...)".